该剧改编自岩明均的同名漫画。讲述一名虚幌度日的佛系大学生南丸洋二（细田佳央太 饰），意外发现自己拥有一个看似无用武之地的超能力 — 他可以在任何物体上“穿洞”。南丸洋二的朋友们总亲切地称呼人畜无害的他为“小丸”，而南丸也在看似一成不变的生活中，赫然发现自己被卷入一个可能毁灭世界的恐怖灾难，而唯有自己看似毫无用处的超能力可以帮助他克服这场危机。
该剧讲述原本在北城警局工作的探长马可，因为特殊原因被下调到清城县协助调查儿童人口失踪案的工作，没想到这个看似简单偏远的小县城发生着不同寻常的故事。马可刚到清城县就遇到了招摇撞骗的核心人物风水先生，接着便发生了一起离奇命案。警局代理局长严水清早就听说过马可是个破案高手，没想到马可的破案方式和逻辑思维与其格格不入，让人难以理解，这也是警局所有人另眼相看的原因。慢慢的严水清被马可的行动能力所折服开始认同这个人，没想到自己还喜欢上了马可。一宗命案背后牵扯着悬疑离奇的众多儿童失踪案，没想到著名神探也有看走眼的时候，在人性本能和亲情面前，马可居然失算了！
现代少女金虔意外回到北宋年间，女扮男装入职开封府成为一名捕快，在铁面无私的包大人带领下，与御猫展昭、腹黑师爷公孙策以及张龙、赵虎王朝马汉一干同事携手破解“铡美案”“陈州案”“狸猫换太子”等疑案，并在为民请命、惩奸除恶、匡扶正义的道路上结识锦毛鼠白玉堂、神秘花魁冰姬、怪盗一枝梅等人，共同上演一段段既“沙雕”搞怪无厘头、又曲折离奇惊险刺激的探案故事。
民国时期富商义子封霄（程宇峰 饰）与军阀义女林婉绣（刘美旗 饰）虽为夫妻，却在乱世之下各为其主，二人即深爱着对方却又不得不在对方面前隐瞒自己刺客的身份。随着富商与军阀间的矛盾不断加深，二人被迫要面对夫妻相爱相杀你死我活的局面，但对彼此的爱最终化解了误会，让二人重归于好并联手粉碎了一起倒卖国宝的惊天阴谋，成了一对令恶人闻风丧胆的刺客侠侣。
相传烈火珍珠旗为大宋镇国神器，宋太祖赵匡胤即借此旗之助，打败群雄，平定天下。惜后蜀女子花蕊夫人（南红饰）将珍珠旗盗走，同葬深谷，不知所踪。 数十年后，杨宗保（徐少强饰）自边关回京，赶赴佘太君（李香琴饰）百岁寿诞途中，遇一老汉被人追杀，声称拾获烈火珍珠旗，欲献当今圣上，杨宗保出手相救，并带同回朝引见仁宗（潘志文饰），不料卷入一场精心策划的阴谋中，多亏包青天清明断案，方使杨家百馀口的冤屈平反，并使祸首英王伏诛。 术数大师顾秀全（甘山饰）算出大宋适逢竹罗三限，贪狼七杀破军三星齐聚，将不利于宋室。野心勃勃的襄阳王（王戎饰）在顾秀全去世后，将其孙女小怜（万绮雯饰）以及顾秀全生前收留的苦儿（吕颂贤饰）软禁于王府中，欲借小怜之助，参透骨髓赋内含的天机。后经天波府及开封府之助，小怜和苦儿始脱离襄阳王的魔掌。 狄青（刘松仁饰）素慕杨家忠义，为替杨文广（李润祺饰）报杀妻之仇，被判入神虎营为军，结识洗衣女彩霞（杨玉梅饰），不料彩霞又被朝廷召回，回复朝阳郡主身份，并奉命和番。和番途中，郡主遭襄阳王手下林云污辱，并嫁祸狄青。最后真相大白，原来狄青为狄太后之侄，故受封安乐侯，并奉命出使西夏结盟。 苦儿失手伤了杨文广，于是小怜带同苦儿离开天波府，四处流浪，并寻访苦儿身世。遇一西夏女子杜秋娘（王薇饰），原来苦儿乃西夏国王李元昊，因残暴好战，为其妹望月公主（杨玉梅饰）所推翻，于叛乱行动中失足坠下山崖，因而丧失记忆。恢复记忆之后的李元昊，为夺回王位，杀人无数，小怜屡劝无效，伤心离去。 李元昊夺回王位后，得来投的襄阳王之助，并辗转获得珍珠旗，欲兴兵夺取大宋江山，小怜为助杨家将，再度回到李元昊身边，盗取珍珠旗，放走杨宗保，并教其破李元昊之法。李元昊最后众叛亲离，并在眼见小怜自尽于自己剑下之后，神智昏乱，再度回到苦儿的身份，抱著小怜的尸身，双双死在金雪山上。 杨宗保与狄青等人带著珍珠旗与西夏议和国书回到大宋，不料仁宗疑忌功臣，反将杨家降罪，最后杨家离开天波府，隐居于太行山中。
