14年前，初号机疑似神化第一形态的觉醒带来近三冲击，使世界发生前所未有的巨变。在此之后，葛城美里（三石琴乃 配音）等NERV旧部出走，成立了反抗seele和NERV的Wille。Wille授命明日香（宫村优子 配音）和真里（坂本真绫 配音）夺回被封印在卫星轨道上的初号机和碇真嗣（绪方惠美 配音），但绝对禁止真嗣登上初号机。感受到周遭的敌意，懵懂的真嗣跟随绫波丽（林原惠美 配音）登上突然入侵的九号机，返回了千疮百孔的NERV总部。在这里，他意外重逢朝思夜想的绫波，还从父亲那里得知自己将和美少年渚薰（石田彰 配音）共同驾驶十三号机。长达14年的空白，期间的沧桑巨变和情感纠葛让真嗣不知所措。而看似温柔的渚薰为他揭开了种种难以置信的真相…… 本片为EVA新剧场版四部曲的第三部。
圣女候补露雅虽拥有治愈能力，却会将患者的伤害及病痛一并转移到自己身上来治愈他人，只要每次使用治愈能力就会跟着带来等同患者的疼痛与苦楚，更因此被人嘲讽她是缺陷圣女，尽管如此仍旧无悔牺牲奉献。直到有一日她心仪已久的骑士团长受到魔兽攻击而重伤频死，她虽将团长治愈救回，自己却也深陷昏迷，徘徊于生死边缘，侥幸伤愈苏醒后，却发现同为圣女候补的亲密好友夺走了一切功劳，团长更决定与其订婚报答恩情。受到亲密好友如此背叛，将她推向绝望深渊，发誓再也不会医治任何人。此时她邂逅了第二王子斯维恩，王子邀请她一起进行复仇，她接受提议决定抛开圣女身份，展开转为“恶女”加虐别人的新人生，两人交织出一段复仇与溺爱，两相螺旋环绕的异色恋爱物语。
