汤姆和杰瑞意外穿越时空开启一场欢乐的奇幻冒险。他们将邂逅一群有趣的新伙伴、穿梭于流光溢彩的繁华市集，再次上演熟悉的经典追逐，甚至卷入一场神秘对决。汤姆和杰瑞能否顺利化解危机？
曾经，来自海洋的神秘敌人“塞壬”向人类发起了猛烈的进攻，“碧蓝航线”的少女们凭借着她们钢铁般的意志与敌人奋勇作战，最终击败了对手，守护了人类。然而，随着时间的流逝，碧蓝航线内部因为理念的差异逐渐产生分化，衍生出了名为“赤色中轴”大的对立阵营。 被称为“灰色的幽灵”的最强英雄企业（石川由依 配音）、每天都迷迷糊糊但关键时刻意外的顶用的拉菲（长绳麻理亚 配音）、虽然年纪不大但成熟体贴的大黄蜂（山本希望 配音），个性好强但心地善良的哈曼（伊藤明日香 配音），面对动荡的时局，当这些少女们再一次被推上战场，会发生怎样的故事呢？
化学专业的大学生小蓝，偶然搭救了昏迷的伯伦希尔魔法学院的魔药老师后，竟不小心穿越到了魔法学院，还成为了魔药课代课老师。好在小蓝急中生智，他凭借扎实的专业知识，巧妙地将化学知识融入魔药课程，让学生们很好地掌握了课程知识，还在一次学院危机中成功抵御毒药的侵袭，并与小绿一起解除了学院的危机。
本片讲述了心地善良的皇女艾丽婕为了救伙伴从天界跌落到了海底世界阿拉德大陆，由此经历了一系列令她快速成长的冒险事件，并收获了亲情与友谊。最终她克服重重困难，战胜了怯懦，勇敢背负起最高祭司的责任，成长为人人爱戴的天界女皇。
