民国期间，由四个性格迥异的少年组成了少年侦探社，他们破解重重谜团，名声大震，然而这所有的案件似乎都没有表面上那么简单，上一代的恩怨情仇也慢慢浮现，侦探社四个成员之间的关系也开始错综复杂。
卓一航文武雙全，獲太子賞識提拔入宮。練霓裳為野狼所養，後得劍客凌慕華傳授劍藝，出手狠辣，被冠以「玉羅剎」之外號。 一次練被朝廷高手圍剿受傷，幸得卓出手相救，並對其悉心照料。練初嘗真情，深深受到打動，更向其表白愛意，惟卓因未能摒棄門戶之見而拒之，練傷心不已。 後卓再遇練，終為練之真情感動。二人更聯手對抗奸臣魏忠賢及東西廠特務。一次，卓被師兄挑撥而與練對敵，更出手傷她，練肝腸寸斷，傷心至一夜白頭。卓悔咎不已，決拋一切功名找練，惜為時已晚，練已飄然遠去……
接续上季救恩医院爆炸事故，大家生死未卜。 面对极度混乱的局面，格蕾的团队会点应对？新一季继续同时间竞赛，挑战每一个生死抉择。
